Ecosistema de Páramo (incluye Páramo y Subpáramo).

Ecosistema de Bosque Altoandino (incluye Bosque Andino y Altoandino).

Selva Andina y Selva Subandina.

A nivel específico en el orobioma Páramo de la Cordillera Oriental se reportan 31 especies, de las que se destacan: los venados, Mazama rufina y Odocoileus goudotii (Cervidae), Cerdocyon thous y Urocyon cinereoargenteus, zorro perruno y gatuno de la familia Canidae; Leopardus trigrinus (tigrillo) y Puma concolor (puma o león americano), ambos de la familia Felidae; como único representante de la familia Ursidae, Tremarctos ornatus (oso de anteojos); así como cuatro especies de murciélagos de alta montaña Anoura geoffroyi, Sturnira eryhromos, Histiotus montanus y Lasiurus cinereus. Entre los insectos, se destacan las mariposas con 27 especies en tres familias: Hesperiidae, Nymphalidae y Pieridae. Entre las especies de mamíferos de la Cordillera Oriental que se encuentran en alguna categoría de amenaza están el ratón runcho (Caenolestes fuliginosus obscurus, NT); tunato o chuchita (Marmosops fuscatus, NT); mico de noche o marteja (Aotus lemurinus, VU); nutria (Lontra longicaudis, VU); oso de anteojos (Tremarctos ornatus, VU); tigrillos (Leopardus tigrinus, VU, Leopardus pardalis, NT); «tigre» o jaguar (Panthera onca centralis, VU); puma o «león de montaña» (Puma concolor, NT); puerco espín pardo (Coendou vestitus, VU); guagua loba (Dinomys branickii, VU) y tinajo o borugo (Cuniculus taczanowskii, NT). Otras especies de mamíferos amenazadas a nivel global o nacional y que habitan la región son el churuco (Lagothrix lagothricha lugens, VU); la danta de tierras bajas (Tapirus terrestris columbianus, CR); y la tatabra o pecarí de labios blancos (Tayassu pecari, NT); los venados soche (Mazama rufina, DD) y coliblanco (Odocoileus goudotii, LC).

Entre los anfibios amenazados de la Cordillera Oriental se cuentan las salamandras (Bolitoglossa capitana, CR, B. pandi, EN); las ranas arlequín (Atelopus farci, CR, A. subornatus, CR); la rana de cristal (Rulyrana adiazeta, VU); la rana saltona (Hyloxalus ruizi, CR); la rana venenosa (Ranitomeya virolinensis, EN); las ranas arborícolas (Hyloscirtus bogotensis, NT, H. denticulentus, EN, H. piceigularis, EN) y las ranas de lluvia (Pristimantis acutirostris, EN, P. bacchus, EN, P. bicolor, VU, P. jorgevelosai, EN, P. merostictus, EN, P. renjiforum, EN, P. spilogaster, EN, Strabomantis ingeri, VU).

En la clase de las aves, las siguientes especies amenazadas: pava negra (Aburria aburri, NT); guacharaca colombiana (Ortalis columbiana, VU); paujil copete de piedra (Pauxi pauxi, EN); perdiz carinegra (Odontophorus atrifrons, VU); perdiz santandereana (Odontophorus strophium, EN); rascón de Bogotá (Rallus semiplumbeus, EN); guacamaya verde (Ara militaris, VU); cotorra montañera (Hapalopsittaca amazonina, VU); vencejo de chimenea (Chaetura pelagica, NT); inca negro (Coeligena prunellei, VU); amazilia buchicastaña (Amazilia castaneiventris, EN); torito dorsiblanco (Capito hypoleucus, VU); tapaculo del bajo Magdalena (Scytalopus rodriguezi, EN); pibí boreal (Contopus cooperi, VU); cucarachero de Nicéforo (Thryophilus nicefori, CR); dacnis turquesa (Dacnis hartlaubi, VU); reinita alidorada (Vermivora chrysoptera, NT); reinita cerúlea (Dendroica cerulea, VU) y tordo montañero (Macroagelaius subalaris, EN).

Geranoaetus malanoleucus, Phygilus unicolor, geospizopsis, Aglaeactis cupripennis, Zonotrichia capensis, Colibrí coruscans, Carduelis spinescens, Eriocnemis vestitus, Asthenes flammulata, Lesbia victoriae, Cinclodes fuscus, Matallura tyrianthina, Leptasthenura andicola, Oxypogon guerinii, Schizoeaca fuliginosa, Gallinago nobilis, Synallaxis subpudica, Fulica americana, Notiochelidon murina, Rallus semiplumbeus, Basileuterus luteoviridis, Cinclus leucocephalus, Myioborus omatus, Conirostrum rufum, Anisognathus igniventris, Diglosa humeralis, Nectarivoro Turdus fuscater, Atlapetes pullidinucha, Mecocerculus leucophrys, Catamemia analis, Muscisaxicola maculirostris, Catamemia inomata.

Las especies de Frailejones pertenecientes a la subtribu Espeletinae (Asteraceae), teniendo en cuenta la alta diversidad que se encuentra en el interior del área protegida (11 especies de frailejones), de las cuales seis son endémicas del área protegida y pequeñas manchas boscosas de Polylepis quadrijuga colorados. Es un ecosistema de gran importancia dentro de la región, con características geomorfológicas especiales y una gran estrella hídrica que permite brindar bienes y servicios a los habitantes de los departamentos de Boyacá y Casanare.

Para el Parque Nacional Natural Pisba, se han reportado especies pertenecientes a los géneros Espeletia y Espeletiopsis en algunos sectores del área protegida y el corredor biológico Pisba-Cocuy. Dentro del género Espeletiopsis se registra una (1) especie: E. guacharaca entre los 3.300 y los 3.410 m.s.n.m., mientras que para el género Espeletia se reporta un total de once (11) especies, siete de ellas endémicas para el Parque: E. episcopalis, E. formosa, E. mirabilis, E. mutabilis, E. pisbana, E. ariana, las cuales se distribuyen entre los 3.600 y los 3.700 m.s.n.m. Dentro del mismo género se encuentran especies que presentan una amplia distribución en los páramos de Boyacá y para el Páramo de Pisba: E. jaramilloi, E. boyacensis, E. lopezii y E. congestiflora, mientras que E. curialensis se encuentra en el corredor biológico Pisba-Cocuy entre los 3.100 y 3.650 m.s.n.m.

Entre las plantas vasculares de la Cordillera Oriental que habitan los ecosistemas boscosos se encuentran las palmas (Aiphanes graminifolia, A. killipii y Geonoma santanderensis); los platanillos (Heliconia estiletioides, H. lozanoi, H. oleosa, H. reptans); siete especies de hojarascos o magnolios nativos (Magnolia arcabucoana, M. argyrothricha, M. caricifragrans, M. cespedesii, M. georgii, M. santanderiana, M. virolinensis); el mogollo (Matisia uribei), el zapote silvestre (Matisia lozanoi); varias especies de orquídeas (Anguloa brevilabris, Masdevallia elephanticeps, M. hieroglyphica, Restrepia pandurata, Sobralia mutisii) y endémicas como la palma de cera de Sasaima (Ceroxylon sasaimae) y el roble negro (Colombobalanus excelsa). Entre las plantas vasculares amenazadas que habitan los bosques en la Cordillera Oriental destacan varios árboles maderables como el pino romerón (Retrophyllum rospigliosii, NT); pino colombiano (Podocarpus oleifolius, VU); pino hayuelo (Prumnopitys montana, VU); cadillón liso (Couepia platycalyx, EN); roble negro (Colombobalanus excelsa, VU); roble (Quercus humboldtii, VU), nogal (Juglans neotropica, EN); comino (Aniba perutilis, CR); coquillo o zapato (Eschweilera bogotensis, EN); hojarascos o magnolios nativos (Magnolia arcabucoana, EN, M. argyrothricha, EN, M. caricifragrans, EN, M. cespedesii, CR, M. georgii, EN, M. santanderiana, EN, M. virolinensis, CR) y cedros (Cedrela odorata, EN, Cedrela montana, VU).

Otros árboles de bosque maduro que aún no han sido evaluados en las listas de especies amenazadas, pero que evidentemente están en vías de extinción, al menos a nivel local, son: el escobo (Guatteria cf. laurifolia); barcino (Calophyllum aff. brasiliense); cuchillo (Zinowiewia australis); cadillón (Sloanea brevispina); chochos (Dussia macroprophyllata, Ormosia tovarensis); Matudaea colombiana; chulo (Calatola costaricensis); Alfaroa colombiana; amarillo rabo de gallo (Aniba robusta); aguacatillos (Beilschmiedia costaricensis, B. sulcata); mogollo (Matisia uribei); zapote silvestre (Matisia lozanoi); chuguacá (Hieronyma macrocarpa); carnefiambre o roble haya (Roupala monosperma); yolombó (Panopsis suaveolens); caimo, carrán colorado (Pouteria baehniana) y cedrillo (Huertea glandulosa).

La ubicación estratégica del área protegida juega un papel muy importante para los colombianos, especialmente para los departamentos de Boyacá y Casanare, las comunidades campesinas, las comunidades educativas y los diferentes actores ambientales de carácter público y privado. Debido a que las fuentes de agua nacen en las montañas del Parque Nacional Pisba, se prestan servicios ecosistémicos de gran importancia, como la oferta y regulación hídrica de calidad para varios municipios, la calidad del aire y el mantenimiento de la diversidad genética de las especies para su trascendencia en el tiempo, favoreciendo procesos evolutivos y adaptativos de cada especie. También se destaca su papel en la regulación climática y los servicios histórico-culturales y recreativos, al contar con una variedad de lagunas y montañas de origen glaciar. Culturalmente, el parque alberga parte de la «Ruta Libertadora», utilizada durante la campaña libertadora en 1819 para alcanzar el centro del país y librar las batallas del Pantano de Vargas y el Puente de Boyacá.

Desde el Parque Nacional Natural Pisba se desarrollan diferentes estrategias y líneas de trabajo que permiten preservar y conservar la biodiversidad presente dentro del área protegida. Se lleva a cabo un trabajo desde las líneas estratégicas del parque, como la realización de recorridos de prevención, vigilancia y control en los diferentes sectores. Además, se realiza la restauración ecológica, donde se recolectan semillas de especies nativas para posteriormente ser propagadas en el vivero de alta montaña ubicado cerca de la laguna de Socha. Estas semillas son cuidadas y utilizadas en los diferentes procesos de restauración ecológica que se llevan a cabo en el área protegida. También se realiza el monitoreo e investigación del recurso hídrico, las quebradas y las lagunas que nacen en el parque. Se investiga especies identificadas como prioritarias, como el oso de anteojos, los pumas y especies endémicas como la variedad de frailejones, entre otros presentes en el territorio. Adicionalmente, se trabaja con las diferentes comunidades mediante la realización de acuerdos de conservación a través de proyectos de sistemas sostenibles para la conservación y avances en el saneamiento predial del área protegida. Actualmente, desde la línea de ecoturismo se trabaja para lograr la apertura del área protegida al ingreso de turistas en los sectores laguna de Socha y la Ruta Libertadora en el municipio de Socotá. Estas actividades son fortalecidas desde el área de educación ambiental, donde se capacita y se llevan a cabo diferentes actividades artísticas y culturales para las comunidades campesinas, educativas y los diferentes actores ambientales de todos los sectores del área protegida. Se busca concientizar sobre el trabajo que realiza Parques Nacionales en la región y la importancia de cuidar y preservar nuestros recursos naturales para que las futuras generaciones puedan disfrutarlos.