Los bosques propios del piso subandino solo ocupan el 9,6% de la región andina (Rodríguez et al., 2006). Esta condición y los procesos de deforestación que han tenido históricamente, para dar paso a las actividades productivas y de infraestructura humana, hacen que se encuentren muy poco representados en las áreas protegidas de Colombia. Es así como el bosque subandino del Parque se constituye en uno de los relictos mejor conservados en Colombia. Sin embargo, su conservación dependerá del nivel de conectividad con el paisaje circundante, el cual presenta una dinámica de transformación que deriva en la sustitución de coberturas naturales, limitando así los flujos ecológicos desde y hacia el Área Protegida (alimentación, reproducción, movilidad de especies, entre otros) (CONPES, 2021).

El Parque es considerado la Estrella Hídrica del Oriente Caldense, donde sus paisajes montañosos, la gran riqueza de pequeños nacimientos, su constante nubosidad y lluvia (hasta 8000 mm de precipitación anual), dan origen a su tan merecido lema: «Donde el Verde se Vuelve Agua». El agua que se regula gracias a la presencia boscosa del área protegida y otras zonas naturales del oriente caldense alimentan a los ríos La Miel y Samaná Sur, que a su vez drenan a la macrocuenca del Río Magdalena.

Por su estratégica ubicación en la zona de transición de los pisos térmicos templado y frío en la vertiente oriental de la cordillera Central en el Departamento de Caldas y la ausencia de otros remanentes selváticos en un buen estado de conservación, la Selva de Florencia actúa como un reservorio biológico hacia donde convergen elementos propios de las Selvas del Magdalena Medio, así como elementos montanos diferenciados in situ; los cuales, a su vez, se enriquecen con la biota altimontana para formar una extraordinaria amalgama biológica caracterizada por su gran diversidad alfa y beta y su pronunciado endemismo (Herrera et al., 2020).

La fauna del Parque Nacional Natural Selva de Florencia es muy rica y variada, especialmente en cuanto a anfibios y aves se refiere. En cuanto al grupo de anfibios se cuenta con 78 especies reportadas, de las cuales 17 especies son endémicas del Parque y 25 especies se encuentran en algún estado de amenaza según la UICN: En Peligro Crítico (3): las ranas de lluvia: Pristimantis torrenticola, Pristimantis tribulosus y Pristimantis veletis; En peligro (5) y Vulnerable (17). Esto lo constituye como uno de los Parques con mayor número de especies de anfibios amenazadas de Colombia. Sobresalen especies como las ranas rojas venenosas: Andinobates opisthomelas y A. daleswansoni; ranas de lluvia: Pristimantis tribulosus, P. veletis, P. fetosus ranas de cristal: Nymphargus rosada, N. spilotus, Espadarana prosoblepon, Hyalinobatrachium sp. aff vireovittatum.

En el año 2003, el Parque se declara como un AICA (Área Importante para la Conservación de las Aves), debido a la presencia de aves amenazadas a nivel mundial. El Parque posee una alta riqueza de especies de aves, con un registro de 394 especies, que corresponden al 48,5% de las especies reportadas en Caldas. Se resalta la gran cantidad de endemismos, en total 12 especies endémicas: el cacique candela (Hypopyrrhus pyrohypogaster), la perdiz colorada (Odontophorus hyperythrus), carpintero bonito (Melanerpes pulcher), la habia colorada (Habia cristata), la habia ceniza (Habia gutturalis), el gorrión montés (Atlapetes flaviceps), el torito capiblanco (Capito hypoleucus), hormiguero de Parker (Cercomacroides parkeri), la guacharaca colombiana (Ortalis colombiana), el carpinterito colombiano (Picumnus granadensis), el tapaculos de Stiles (Scytalopus stilesi) y la tangara multicolor (Chlorochrysa nitidissima). Cinco especies se encuentran en categoría de amenaza a nivel nacional: En Peligro: Capito hypoleucus, Scytalopus stilesi y Vulnerables: Hypopyrrhus pyrohypogaster, Atlapetes flaviceps y Chlorochrysa nitidissima. Se destacan los registros de 27 especies migratorias, entre las que se encuentran reinitas, mirlas, cardenales, atrapamoscas y rapaces, y 32 especies casi endémicas.

Se destaca también el grupo de los mamíferos que cuenta con 75 especies registradas entre mamíferos voladores y no voladores. Se evidencian números altos de especies para los órdenes Xenarthra (osos hormigueros, armadillos y perezosos), Carnívora (zorros, coatíes, tigrillos, tairas, comadrejas) y Primates, siendo este último el más representativo debido a la presencia de cinco especies: 1) mono aullador colorado (Alouatta seniculus), 2) mono nocturno o marteja (Aotus lemurinus), 3) tití gris (Saguinus leucopus), 4) mono cariblanco (Cebus versicolor) y 5) el mono araña café (Ateles hybridus). Cuatro de los cuales se encuentran bajo categoría de amenaza, respectivamente: Vulnerable (2 y 3), En peligro (4) y en peligro crítico (5).

En cuanto a reptiles se tienen registradas 20 especies, la mayoría de ellas son serpientes, entre las que se tienen venenosas, como la mapaná o talla x (Bothrops asper), la víbora de pestañas (Bothriechis schlegelii), las corales (Erythrolaprus spp.) y las no venenosas, como las cazadoras (Mastigodryas sp.), la granadilla (Pseustes shropshirei), la bejuquilla (Imantodes cenchoa), entre otras. Se tiene reportado un lagarto endémico: Anolis tolimensis.

Son pocos los estudios que se han realizado sobre los animales invertebrados del Parque, sin embargo, se tienen registradas 460 especies, donde se destacan los siguientes grupos: 254 Mariposas, 31 Arácnidos, 33 Coleóptera y 18 Trichoptera. En el grupo de las mariposas se registra la especie endémica: Roeberella gerres.

En el Parque se tienen registradas 458 especies de plantas, de las cuales 69 solo están identificadas hasta el nivel de género. Se cuenta con dos especies endémicas: la bromelia, Guzmania betancurii y la Meriania selvaflorensis, esta última nombrada así en honor al Parque. Cinco especies se encuentran amenazadas, dos de las cuales están en el máximo estado de amenaza, denominado Peligro Crítico (CR): Aniba perutilis (comino crespo) y Guatteria ucayalina; dos están en la categoría En Peligro (EN): Prestoea pubens (bromelia de flor amarilla) y Pitcairnia sp. nov. y en la categoría Vulnerable (VU): Centronia mutisii.

La especial ubicación del Parque Nacional Natural Selva de Florencia, sus condiciones biogeográficas, resultado de combinar aspectos climáticos, edáficos, de vientos y de luminosidad e insolación, pisos térmicos variados y riqueza hídrica, entre otros, propicia la existencia de ecosistemas ambientales estratégicos. Es el caso de uno de los bosques con menor representación en el Sistema de Parques Nacionales Naturales de Colombia, el bosque subandino, el cual ha sido transformado históricamente para dar paso a cultivos de café y pastizales. Sin embargo, pese a la acción antrópica, subsiste una gran riqueza de fauna y flora, así como un gran potencial hídrico.

«En las áreas protegidas que hacen parte del Sistema de PNN se presentan usos de los recursos naturales, ocupación y tenencia de predios por parte de comunidades campesinas, quienes por una parte generan presión sobre los ecosistemas que por mandato constitucional deben ser preservados y restaurados y por otra se vulneran los derechos de los campesinos por no tener acceso a la tierra y al territorio, derecho a producción agropecuaria limitando el mejoramiento de la calidad de vida de esta población» (Eraso Paguay, 2016). Es imperativo generar e implementar alternativas de solución a la problemática de UOT del Parque, ya que a la fecha se tiene registrada una ocupación de aproximadamente el 4.7% (21 familias, 67 personas aprox.) y diferentes usos como la ganadería y la agricultura, entre otras actividades. Un ejemplo de la gestión del Parque es la articulación con la Agencia Nacional de Tierras y la Unidad de Restitución de Tierras, para que los habitantes del Parque y las personas que abandonaron las tierras por causa del conflicto armado, puedan ser beneficiarios o sujetos de acceso a tierra a ser incluidos en programas de asentamiento y reasentamiento. Cabe anotar que en 2017 la Unidad de Restitución de Tierras reportó 113 solicitudes en el Parque (Herrera et al., 2020).