El esquema de manejo de esta área protegida está enfocado en salvaguardar la biodiversidad natural junto con la estructura ecológica subyacente y los procesos ambientales sobre los que se apoya, y en promover la educación y el uso recreativo. Parte de la importancia de estas áreas radica en que soportan procesos biológicos esenciales, como la reproducción de las especies, lo que les permite ser fuente de recursos para las áreas circundantes y mantener los stocks de algunos recursos pesqueros.

Ecosistema pelágico y fondos marinos (zonas de fracturas regionales, el extremo norte de la fosa de Perú – Chile, el extremo sur de la fosa de Centroamérica, y cinco dorsales asísmicas: la dorsal de Cocos y la dorsal de Carnegie y las dorsales de Coiba, Malpelo y Regina).

Se encuentran especies pelágicas, demersales y bentónicas, entre las cuales se consideran también especies migratorias como los atunes, el dorado y los mamíferos marinos, y varias especies de peces demersales que cumplen parte de su ciclo de vida en el DNMI. Entre las especies de peces, las principales especies objetivo de la pesca son: el atún aleta amarilla (Thunnus albacares), el barrilete (Katsuwonus pelamis), el atún ojo grande (Thunnus obesus), y como especie acompañante la patiseca (Euthynnus lineatus). También es importante mencionar algunas con algún grado de amenaza como la tortuga carey (Eretmochelys imbricata), el tiburón marllo (Sphyna lewini), el tiburón ballena (Rhincodon typus), y la tortuga negra (Chelonia mydas), los tiburones zorro (Alopias vulpinus, A. superciliosus y A. pelagicus), el tiburón aletiblanco (Carcharhinus longimanus), la manta diablo (Manta birostris), el atún ojón (Thunnus obesus), la tortuga baula (Dermochelys coriácea) y el cachalote (Physeter macrocephalus).