Los ecosistemas presentes en el SFF Los Flamencos son:

El Bosque seco (Bs) con 2.714,7 ha.

El Bosque muy seco tropical (Bms-T) con 2.049,8 ha.

El Matorral desértico (Mt) con 55, 2 ha.

También encontramos ecosistemas de humedales conformados por cuatro lagunas costeras: la Laguna de Chentico, la Laguna de Navío Quebrado, la Laguna Grande y la Laguna de Manzanillo.

El SFF Los Flamencos es un área de importancia para la conservación de las aves (AICA) por sus grandes lagunas que sirven de hábitat para aves residentes y migratorias. Dentro de las especies más destacadas encontramos el Flamenco rosado (Phoenocopterus ruber), la Garza blanca (Egretta alba), la Garcita blanca (Egretta thula), la Garza paleta o «picos de cuchara» (Ajaia ajaja), el Pato cuervo, el Pato yuyo (Phalacrocorax brasilianus), el Tanguita (Porzana porzana), el Gallito de ciénaga (Jacana jacana), el Ibis blanco (Eudocimus albus), el Gavilán manglero o gran Halcón negro (Buteogallus anthracinus), el Toche (Icterus nigrogularis), el Martín pescador (Ceryle torcuata), el Perico (Brotogeris jugularis), el Rey guajiro (Cardenalis phoeniceus), la Garza azul (Ardea herodias), el Caracara (Caracara plancus), el Ibis rojo (Eudocimus ruber), el Playero solitario (Tringa solitaria), el Playerito occidental (Caladris mauri), el Chorlo real (Limosa fedoa) y la Gaviota (Larus atricilla) entre otros.

En el bosque seco se avistan los siguientes mamíferos: el Tigrillo (Felis pardales), el Venado (Mazama americana), el Zaino (Tayassu pecari), el Oso hormiguero (Tamandua tetradactyla), la Comadreja (Mustela frenata), el Mono (Alouatta seniculus), el Zorro manglero (Procyon sp.) y el Armadillo (Dasypus sp.) entre otros. Asimismo, se encuentran reptiles como la Babilla (Caiman crocodilus), la Mapaná (Bothrops atrox), la Serpiente lora (Leptophis aethulla), la Serpiente sapa (Leptodeira annulata), el Salta-arroyo (Basiliscus basiliscus), la Cazadora (Stenorrhina sp.), la Cascabel (Crotalus durissus), la Bejuquilla (Oxybelis aeneus), el Lagarto (Cnemidophorus emniscatus), la Lagartija (Ameiva ameiva), el Morrocoy o Tortuga terrestre (Chelonoidis carbonaria) y la Icotea (Pseudemys scripta callirostris).

En las lagunas, los pescadores suelen capturar las siguientes especies de peces y crustáceos: Camarón (Penaeidae), Lebranche (Albula vulpes macabi), Lisa (Mugil incilis), Jurel (Caranx hippos), Anchova (Mugil curema), Jurel ojón (Caranx latus), Lebranche (Mugil liza), Pechito (Cathorops sp.), Pargo dietón (Lutjanus griseus), Pargo chino (Lutjanus synagris), Bagre prieto (Arius grandiscassis), Pargo blanco (Pomadasys corvinaeformis) y Bagre blanco (Arius proops) entre otros. Todas estas especies son importantes para los ecosistemas porque ayudan al equilibrio natural y a la limpieza del aire.

En el SFF se encuentran 172 especies de plantas vasculares distribuidas en 144 géneros diferentes, siendo los géneros más diversos en especies Euphorbia, Mimosa, Quadrella, Sida y Solanum, todos con tres especies cada uno. Estas especies pertenecen a 55 familias botánicas, de las cuales las más diversas son: Fabaceae (23 spp), Malvaceae (14 spp), Euphorbiaceae (12 spp), Cactaceae (10 spp), Poaceae (10 spp), Capparaceae (8 spp) y Apocynaceae (5 spp). A estas les siguen Asteraceae, Bromeliaceae, Convolvulaceae, Polygonaceae y Solanaceae con cuatro especies cada una.

Las dos especies con mayor número de individuos son el Guayabito (Croton punctatus) y el Dividivi (Libidibia coriaria). Es muy común ver en el territorio del Santuario especies como el Puy, Dividivi, Guaricho, Jobito, Guayabito, Uvito, Trupillo y Mangles rojos en la zona costera.

En el SFF Los Flamencos desarrollamos varios procesos misionales como la prevención, vigilancia y control, esto con el fin de controlar el avance de las infracciones. También el ecoturismo, para ordenar, fortalecer y consolidar las actividades y experiencias de visitas que se desarrollan en el Santuario, orientadas a la conservación en el marco de la implementación del Plan de Ordenamiento del Ecoturismo.

Por ser un área traslapada con el resguardo Prerratpu, perteneciente a las comunidades indígenas wayuu de Tocoromana, Loma Fresca y Chentico, además de las cinco comunidades no resguardas, estamos en constante relacionamiento e implementación de actividades que se definen en la instancia de coordinación denominada Yanama. Asimismo, con los consejos comunitarios de las comunidades afrocolombianas de Camarones y Perico, seguimos avanzando en la consolidación de un plan de trabajo para la formulación, desarrollo, seguimiento y evaluación del instrumento de planificación del área en el marco del Pacto de Entendimiento debidamente suscrito. Igualmente, en el SFF Los Flamencos se realiza monitoreo de aves y se adelantan varias investigaciones en asociación con la Universidad de La Guajira, la Universidad del Atlántico y la Universidad de Córdoba entre otras.

Por su parte, continuamos con el proceso de restauración ecológica en busca de recuperar las partes mayormente degradadas del Santuario y trabajamos permanentemente con estudiantes universitarios, jóvenes y niños del territorio en la educación ambiental, generando aprendizajes para la valoración social del SFF Los Flamencos.

El SFF Los Flamencos es un área con una ubicación privilegiada en el centro occidente del departamento de La Guajira, más específicamente en el municipio de Riohacha. Actualmente, es la zona de contención de la desertificación que avanza hacia el sur por la troncal del Caribe. Además, posee relictos del bosque seco tropical y bosque muy seco tropical, los cuales son de importancia para la conservación debido a su dificultad para la regeneración natural. Finalmente, cuenta también con importancia cultural para las comunidades que habitan en su interior, ya que en este sitio desarrollan sus prácticas tradicionales y es un lugar espiritual para los cuatro pueblos de la Sierra Nevada de Santa Marta, ya que dentro del área se encuentran dieciocho (18) puntos de la línea negra, que son sitios sagrados y prioridades integrales de conservación.